中心实行校、院两级管理和中心主任负责制。学校实验室与设备管理处负责实验中心的宏观管理与监督及实验设备设施的购置审批；实验教学中心依托理学院并接受其行政管理，实行主任负责制。中心设主任1 人，副主任2人。主任负责实验中心的总体发展规划建设和管理；副主任负责实验课程安排、实验队伍建设与管理、实验室安全管理、教学资源建设与管理、仪器设备管理等，还包括制定及修订实验教学大纲、实验教材等。实验教学中心专职管理人员负责日常管理和实验前的准备及实验后的整理工作；实验教师由专职和兼职人员组成，负责实验项目讲授、实验指导和答疑，同时也承担自制仪器研发、大学生“双创”项目指导、CUPT竞赛指导、全国大学生物理实验竞赛指导、“挑战杯”项目指导以及对外服务等工作。实验教学中心已经形成了以实验教学为主导的规范化管理体制，运行机制如下图所示。

                                                                （2024年5月更新）